메이저 바카라 사이트전산 암 생물학

Jasmin Fisher Lab은 암 진화 및 암 환자를위한 더 나은 개인 치료를 확인하기위한 암 진화 및 치료 메커니즘을 메이저 바카라 사이트하기위한 계산 모델 및 분석 기술을 개발합니다.

Jasmin Fisher 교수, PhD, FRSB

전산 생물학 교수

이메일 : jasmin.fisher@메이저 바카라 사이트.ac.uk
전화 : +44 207 679 6882

PA : Shelley McDonald
이메일 : s.mcdonald@메이저 바카라 사이트.ac.uk
전화 : +44 207 679 6304

메이저 바카라 사이트 프로파일

메이저 바카라 사이트 초점과 미션

우리의 메이저 바카라 사이트는 정상적인 발달 및 질병 모두 동안 세포-사면 결정 프로그램을 뒷받침하는 분자 메커니즘의 식별을 통해 암이 어떻게 진화하는지 이해하는 데 중점을두고 있습니다. 우리는 Executable Biology라는 혁신적인 접근법을 개발했으며, 이는 컴퓨터 프로그램 인 것처럼 생물학적 메커니즘을 시뮬레이션하고 분석하는 도구입니다. 이 접근법을 통해 컴퓨터 과학에서 개발 된 강력한 방법을 사용하여 이러한 프로그램의 특성과 시뮬레이션의 특성을 입증하여 암과 같은 진화하는 생물학적 과정의 동적 복잡성을 더 잘 이해할 수 있습니다. 이 접근법은 세포 운명 결정의 분자 메커니즘에 대한 더 깊은 통찰력을 개발하고 암에 대한 새로운 병용 요법의 발견에 매우 효과적인 것으로 나타났습니다..

우리의 목표는 발암 신호 경로가 암의 시작, 진행, 유지 및 (차단 될 때) 회귀를 조절하는 기계적인 프로그램을 결정하는 것입니다. 우리는 발암 성 신호 네트워크의 계산 모델링과 세포 운명 결정 (예 : 증식 및 세포 사멸)과 관련된 방법에 의해이를 수행합니다. 이런 식으로, 우리는 세포 결정이 어떻게 이루어지고 그러한 결정의 수차가 암의 병리를 유발하는지 이해할 수 있습니다.

실험 실험실 작업과 계산 모델링 사이의 반복주기.
PNAS 116 (44) : 22399-22408, 2019

실험실

Cambridge University의 Microsoft Research Cambridge와 생화학과에서 10 년이 지난 후, 우리 실험실은 2019 년 메이저 바카라 사이트 Cancer Institute로 이사하여 연구소 내에서 의료 및 임상 종양학 자 및 암 생물 학자의 뛰어난 재능과 협력을 강화했습니다.

우리의 다 분야 실험실은 다양한 배경 (예 : 생물학, 물리학, 컴퓨터 과학, 소프트웨어 공학, 의학)의 학생, 박사후 메이저 바카라 사이트원 및 방문 메이저 바카라 사이트원을 모두 팀으로 함께 일합니다. 우리는 실험 암 생물 학자 및 임상의와 긴밀히 협력하여 계산 모델을 구축하고 분석하고 실험적으로 예측을 검증합니다. 적절한 경우, 우리는 암 환자의 결과를 개선하기 위해 결과를 임상 시험으로 번역하는 것을 목표로합니다.

Fisher Lab Group 회원

선정 된 간행물

Howell R, Davies J, Clarke MA, Appios A ... Fisher J, Bennett CL.실행 가능한 모델링을 통해 해독 된 피부에서 1 차 흑색 종의 국소 면역 감시. 공상 과학 Adv. 2023 년 4 월 14 일; 9 (15) : EADD1992.
Howell R, Clarke MA, Reuschl AK, Chen T ... Fisher J.SARS-COV-2- 호스트 상호 작용의 실행 가능 네트워크 약물 조합 치료 예측. NPJ Digit Med. 2022 년 2 월 14 일; 5 (1) : 18.
Clarke MA, Fisher J.실행 가능한 암 모델 : 성공 및 도전. Nat Rev 암. 2020 년 6 월; 20 (6) : 343-354.
Kreuzaler P, Clarke MA, Brown EJ ... Fisher J.유방암에서 MYC 발현의 이질성은 실행 가능한 기계 모델링을 통해 공개 된 약리학 적 취약점을 드러냅니다. Proc Natl Acad Sci U S A. 2019 년 10 월 29 일; 116 (44) : 22399-22408.
Yu MK, Ma J, Fisher J, et al.생체 의학에 대한 가시 머신 러닝. 셀. 2018 6 월 14 일; 173 (7) : 1562-1565.
Silverbush D, Grosskurth S, Wang D ... Fisher J.급성 골수성 백혈병에서 PIM 경로의 세포 별 전산 모델링. 암 res. 2017 년 2 월 15 일; 77 (4) : 827-838.
Chuang R, Hall BA, Benque D ... Fisher J.혁신적인 계산 플랫폼을 사용한 만성 골수성 백혈병의 약물 목표 최적화. Sci Rep. 2015 년 2 월 3 일; 5 : 8190.
Moignard V, Woodhouse S, Haghverdi L ... Fisher J, Göttgens B.단일 세포 유전자 발현 측정에서 조기 혈액 발달의 조절 네트워크 디코딩. Nat Biotechnol. 2015 년 3 월; 33 (3) : 269-276.
Nusser-Stein S, Beyer A, Rimann I ... Fisher J.C. el. Mol Syst Biol. 2012; 8 : 618.
Fisher J, Henzinger TA.실행 가능한 세포 생물학. Nat Biotechnol. 2007 년 11 월; 25 (11) : 1239-49.

더 많은 출판물

계산 도구

바이오 모델 분석기

우리는 신호 전달 경로를 설명하고 세포 안정화를 결정하는 생물학적 모델링 도구 인 BMA (Bio Model Analyzer)를 개발했습니다. 이 도구는 시스템 생물학, 공식적인 방법, 인간 컴퓨터 상호 작용 및 설계의 관점을 병합하는 것을 나타냅니다. 한 수준에서 BMA는 사용자가 세포, 내용물 (DNA, 단백질 등), 세포 외 성분 및 관계를 간단한 캔버스로 끌어내어 생물학적 관심 시스템 (예 : 유전자 조절 네트워크)을 이끌어 낼 수있는 스케치 도구입니다. 다른 수준에서 Bio Model Analyzer의 분석은 동시 소프트웨어 시스템에서 특성의 사양 및 검증을 위해 개발 된 공식적인 방법을 기반으로 생물학적 시스템의 안정화를 입증합니다..

단일 셀 네트워크 합성 도구

웹 기반 그래픽 인터페이스를 통해 성능 및 제어를 위해 클라우드에 계산을 쉽게 배포하는 것을 지원하는 단일 세포 유전자 발현 데이터의 실행 가능한 모델의 재구성 및 분석 도구 인 SCNS (Single Cell Network Synthesis Tool)를 개발했습니다. SCN은 차별화, 발달 또는 재 프로그래밍 여행을 이해하는 데 사용될 수 있습니다.